关于合作医疗住院有效期的问题，综合权威信息整理如下：

一、住院登记与报销时效

1. 登记时间

   新农合住院登记通常从住院当天开始生效，无需提前办理。

   • 特殊情况 ：若因故延迟登记，需在出院后3个工作日内补报，但可能影响报销。

2. 报销时间

   • 合作医院 ：出院当天即可办理报销；

   • 非合作医院 ：需出院后1-3个月提交材料申请报销。

二、缴费与待遇周期

1. 缴费周期

   合作医疗以 年度 为缴费周期，次年1月1日至12月31日享受当年报销待遇。

   • 缴费截止时间 ：需在当年12月左右完成缴费，逾期将无法享受下一年度报销。

2. 待遇有效期

   报销待遇从次年1月1日开始，持续至当年12月31日结束。

三、特殊情况说明

1. 新生儿参保

   • 出生后3个月内参保立即生效，3-12月参保次月生效，1年以上参保次年1月1日生效；

   • 报销需提供门诊发票及完整费用清单。

2. 断缴影响

   若连续中断缴费超过1个月，次年需重新参保才能享受报销。

3. 异地就医

   需提前向当地合作医疗管理部门报备，且仅限指定医疗机构就医。

四、法律依据

相关制度依据《中华人民共和国社会保险法》第二条、第二十四条、第二十五条等规定，明确以年度为缴费和待遇周期。

建议 ：参保人员应确保及时缴费并关注当地政策差异，避免因信息滞后影响就医报销。