根据新型农村合作医疗（新农合）的报销政策，住院两天的费用是否可以报销，需结合具体情况分析：

一、报销资格与时间要求

1. 住院时间限制

   新农合报销无明确住院天数限制，只要在定点医疗机构住院且费用符合医保报销范围即可报销。部分医院可能要求住院满24小时才能启动报销，但两天内住院通常满足条件。

2. 出院结算要求

   需在出院后规定时间内（如10个工作日内）办理报销手续，超过该期限可能影响报销。

二、报销比例与范围

1. 医院级别差异

   • 村卫生室 ：报销比例最高，通常80%以上；

   • 乡镇卫生院 ：约70%-75%；

   • 县级医院 ：约60%-65%；

   • 市级医院 ：约55%-60%；

   • 省级医院 ：约50%。

2. 费用报销范围

   包括住院费、手术费、检查费、药品费、护理费等符合医保目录的费用，但自费药、床位费（超过限额部分）及门诊费用通常不报销。

三、特殊情况说明

• 年底最后两天住院 ：即使接近年底，只要费用在报销范围内且符合流程，仍可正常报销。

• 异地就医 ：需通过正规转诊渠道办理，报销比例可能低于本地医院。

四、注意事项

1. 材料准备 ：需提供身份证、医疗费用发票、诊断证明、病历等材料；

2. 二次报销 ：部分费用可通过大病救助二次报销，需符合条件向民政部门申请。

住院两天新农合通常可以报销，具体比例取决于医院级别和费用类型，建议及时办理出院结算并保留完整就医资料。