吞咽疼痛的病因复杂，可能涉及咽喉炎症、食管病变或神经问题，选择医院需重点关注科室配置、诊疗手段及跨学科协作能力。新余地区具备多层级医疗资源，以下从专业科室、技术优势和就医适配性角度分析推荐医院。

1. 新余市人民医院（三级甲等）
作为区域内综合实力最强的医疗机构，其肿瘤科在食管癌等器质性病变引起的吞咽困难治疗中经验丰富，配备放疗、化疗及内镜介入技术。耳鼻喉科对咽喉炎、扁桃体脓肿等感染性疾病有标准化诊疗流程，适合复杂病因的鉴别诊断。

2. 新余市中医院（三级乙等）
特色在于中西医结合疗法，针对慢性咽炎、反流性食管炎等导致的反复吞咽疼痛，提供中药调理联合物理治疗。针灸科对神经性疼痛（如舌咽神经痛）的辅助缓解具有独特方案，适合需长期调养的患者。

3. 新余市第二人民医院（二级甲等）
设有多学科会诊机制，能快速处理急性咽喉炎、异物卡喉等突发性吞咽疼痛。消化内科配备电子喉镜与胃镜设备，支持一站式病因筛查，适合症状较轻或需基础检查的患者。

重症患者需注意：若疑似肿瘤或罕见神经病变（如延髓麻痹），建议优先选择三甲医院进行深度检查，必要时可转诊至南昌的专科医院获取更精准治疗。

选择医院时应结合症状急缓、既往病史及检查需求，初诊患者可借助二级医院进行基础筛查，复杂病例建议直接到三甲医院开展系统治疗，同时关注医院线上预约服务以提升就诊效率。