根据南京市社保政策及搜索结果，社保断缴三个月的处理方式如下：

一、医疗保险影响

1. 断缴3个月以上停止医保待遇

   若连续欠缴医疗保险费3个月以上，将停止享受医保统筹基金支付的医疗费用，需补缴后从次月开始恢复待遇。

2. 补缴方式

   • 线上渠道 ：通过“我的南京”APP、支付宝/微信“江苏税务社保缴纳”小程序等平台补缴最近3个月的费用。

   • 线下办理 ：携带身份证到区社保经办机构窗口提交材料补缴。

二、其他险种影响

1. 养老保险

   断缴3个月无影响，只要累计缴费满15年，退休后仍可领取养老金。

2. 生育保险

   怀孕期间断缴将无法享受生育相关福利，断缴期间生育费用需自行承担。

3. 工伤保险和失业保险

   断缴3个月以上可能影响待遇，但法律未明确禁止补缴，需咨询社保部门确认。

三、补缴时效与年限

• 补缴时间限制 ：南京市社保补缴仅限最近3个月内的欠费，超过3个月需重新参保。

• 缴费年限计算 ：补缴后不计入中断缴费年限，但可恢复医保待遇。

四、注意事项

1. 欠缴费用处理

   • 单位欠缴：可通过劳动仲裁或诉讼要求单位补缴。

   • 自愿缴费：灵活就业人员可自行补缴，但需按现行费率缴费。

2. 法律维权

   若单位拒绝补缴，可依据《社会保险法》第六十三条向社保部门投诉或诉讼。

建议尽快通过线上或线下渠道补缴欠费，避免影响医疗等民生待遇。若涉及单位责任，可同步追讨欠缴费用。