万源市由达州市代管的原因主要与行政区划调整和历史沿革相关，具体分析如下：

一、行政区划调整背景

1. 历史沿革

   万源市成立于1993年7月，由原万源县与白沙工农区合并组建，属于四川省省辖县级市。其行政地位为县级市，但由地级市达州市代管。

2. 代管机制的普遍性

   在中国省级行政区划中，县级市常采用代管模式。例如，达州市代管万源市，而宣汉县作为县级市则直接由达州市管辖。这种模式有助于统一管理、资源整合和行政效率提升。

二、地理与行政需求因素

1. 地理位置

   万源市位于四川省东北部，是川陕渝交界的重要城市，北接陕西省，东邻重庆市，是进出四川的主要陆路通道之一，具有战略地位。

2. 行政协调

   万源市面积4065平方千米，人口约40万，是川陕渝三省交界的经济枢纽。由达州市代管有助于协调区域经济、交通和公共服务资源，避免重复建设。

三、特殊性与发展需求

1. 贫困市扶持政策

   万源市曾为国家级贫困市，经济相对薄弱。由达州市代管后，可通过政策倾斜和资源倾斜加速发展，例如交通基础设施建设和产业扶持。

2. 文化与生态资源整合

   万源市拥有丰富的红色文化、秦巴文化和生态旅游资源。达州市代管有助于整合区域文化资源，推动生态旅游和特色产业发展。

总结

万源市由达州市代管是省级行政区划调整、地理行政需求与特殊发展策略共同作用的结果。这种模式既保留了县级市的灵活性，又通过地级市的支持实现资源优化配置。