当企业的进项税率为9%，而销项税率为13%时，这种情况在实践中较为罕见，通常发生在企业购买商品或接受服务时支付的增值税（进项税）高于其销售商品或提供服务时收取的增值税（销项税）。根据增值税的抵扣原则，企业可以用当期的进项税额来抵扣当期的销项税额，从而减少应纳税额。如果进项税额大于销项税额，超出部分可以结转下期继续抵扣，形成留抵税额。
具体操作步骤如下：
- 计算进项税额和销项税额 ：
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进项税额 = 购入含税价 ÷ （1 + 9%） × 9%
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销项税额 = 销售含税价 ÷ （1 + 13%） × 13%
- 进行抵扣 ：
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应交增值税 = 销项税额 - 进项税额
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如果进项税额大于销项税额，剩余部分可以结转到下期继续抵扣。
例如，如果企业购进商品或接受服务的含税价为10万元，适用的进项税率为9%，则进项税额为：
$$\text{进项税额} = \frac{100,000}{1.09} \times 0.09 = 8,264.46 \text{元}$$
如果企业销售商品或提供服务的含税价为10万元，适用的销项税率为13%，则销项税额为：
$$\text{销项税额} = \frac{100,000}{1.13} \times 0.13 = 11,504.42 \text{元}$$
进行抵扣后，企业应缴纳的增值税为：
$$\text{应交增值税} = 11,504.42 - 8,264.46 = 3,239.96 \text{元}$$
如果进项税额大于销项税额，剩余部分可以结转到下期继续抵扣。例如，如果本期进项税额为9,000元，而销项税额为7,000元，则本期应缴纳的增值税为2,000元，剩余的1,000元可以结转到下期继续抵扣。
需要注意的是，增值税是价外税，不影响企业的利润。留抵税额可以用于下期继续抵扣，直到完全抵扣完毕或达到法定的抵扣限额。
建议 ：
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企业应尽量保持进项税额大于销项税额，以充分利用留抵税额进行抵扣，减少应纳税额。
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企业应妥善保管合法的扣税凭证，如增值税专用发票等，以确保进项税额的顺利抵扣。
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企业应关注税收政策的变化，及时调整税务筹划，以降低税负。
