当企业取得13%进项发票但销售时开具9%销项发票时，增值税抵扣规则如下：
一、抵扣原则
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按较低税率抵扣
进项税额的抵扣以实际适用的较低税率为准。在13%和9%的税率中，应选择9%作为抵扣标准。
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全额抵扣
即使进项发票金额高于销项税额，也只需按9%计算可抵扣金额，未抵扣完的部分将形成 期末留抵税额 ，可结转至下一期继续抵扣。
二、具体操作说明
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计算可抵扣金额
例如：
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进项税额：100万元（13%税率）
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销项税额：90万元（9%税率）
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可抵扣金额 = 90万元（按9%税率计算）。
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申报时抵扣
在每月纳税申报期，企业需将进项税额与销项税额进行比对，按9%的税率计算可抵扣金额，并从销项税额中扣除。
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期末留抵处理
若当月进项税额未完全抵扣，则剩余部分作为 期末留抵税额 ，转入下期继续抵扣。
三、注意事项
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行业特殊规定
建筑企业等特定行业，若存在大量无法取得专用发票的成本（如人工费），可能适用3%征收率（2025年现行政策）。但材料采购等可取得13%发票的项目，仍按上述规则抵扣。
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发票合规性
需确保进项发票为合法有效专用发票，且与应税行为匹配，避免因发票问题影响抵扣。
四、示例
某建筑企业购入材料取得13%进项发票，金额1,000万元，当月销项900万元（9%税率）：
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可抵扣金额 = 900万元（按9%计算）
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实际应纳税额 = 900万元（销项） - 900万元（抵扣） = 0万元。
通过以上规则，企业可有效降低增值税税负率，提升财务效率。
