根据相关法律法规，关于三年后查出串标行为的处理方式，需结合具体情况判断：

一、行政处罚的追责时效

1. 一般项目

   若串标行为未涉及公民生命健康安全、金融安全且无其他危害后果，根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在 二年内 未被发现的，不再给予行政处罚。

2. 特殊项目

   若涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果，追责期限延长至 五年 。

二、其他法律后果

即使超过追责时效，串标行为仍可能引发以下法律后果：

1. 刑事责任

   若情节严重（如构成犯罪），可判处 三年以下有期徒刑或拘役 ，并处罚金。

2. 经济处罚

   • 处以中标项目金额 千分之五至千分之十 的罚款；

   • 对直接责任人员处以单位罚款数额 百分之五至百分之十 的罚款；

   • 没收违法所得。

3. 市场禁入

   可能被取消 1至3年 参加政府采购活动的资格，情节特别严重的可吊销营业执照。

4. 民事责任

   若给他人造成损失，需承担赔偿责任。

三、处理流程与建议

• 证据收集 ：需提供充分证据证明串标行为（如通信记录、财务凭证等）；

• 部门介入 ：由 县级以上地方人民政府发展改革部门 负责调查处理；

• 专业咨询 ：建议委托律师评估案件复杂度及追责可能性。

若串标行为未被发现且未涉及特殊领域，三年后一般不再追责，但可能面临其他法律后果。建议及时咨询专业机构处理相关事宜。