新农合二次报销的结算方式根据就医阶段不同而有所区别，具体如下：
一、出院时自动结算（主要情况）
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符合条件直接结算
在二级及以上定点医院就医的新农合参保人员，出院时系统会自动根据大病保险政策比例垫付赔付资金，患者无需额外提交材料。
法律依据：《社会保险法》第二十八条规定，符合基本医保目录的医疗费用可按规定从基金中支付。
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系统操作流程
医院会在出院结算时自动审核费用是否符合大病保险报销条件，审核通过后直接从医保基金中扣除应报销金额，患者只需支付自费部分。
二、出院后手动结算（特殊情况）
若因特殊原因未能在出院时完成结算，需在出院后携带相关材料办理报销手续：
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所需材料
包括：诊断证明、身份证、参合证原件及复印件、医疗费用发票或费用清单、出院结算单（加盖公章）。
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办理流程
患者需前往当地新农合结算部门提交材料，经审核后按比例获得补偿款。
三、注意事项
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报销比例与额度 ：二次报销比例通常为50%-80%，具体由各地政策规定，且无固定最高额度限制。
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特殊疾病保障 ：慢性病患者需提供慢性病证或诊断证明，门诊慢性病患者可享受门诊专项补助。
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地区差异 ：具体操作流程和材料要求可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地医保部门。
新农合二次报销以出院时自动结算为主，特殊情况下可办理出院后手动结算。
