农村合作医疗报销后的资金流向如下：

一、报销资金去向

1. 直接打入指定账户

   报销款通常直接划入参保人指定的银行账户（如储蓄卡、借记卡）或社会保障卡中，具体由参保时预留的银行信息决定。

2. 特殊账户与自费部分

   • 个人账户 ：仅限支付门诊小额医疗费用（如药店购药），每年约几十元；

   • 统筹账户 ：用于支付住院、重大疾病等大额医疗费用，由医保基金与个人缴费按比例共同承担。

二、报销流程与注意事项

1. 报销材料要求

   出院时需提交住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及身份证或户籍证明等材料。

2. 结算方式

   • 直接结算 ：部分医院支持出院时直接现金结算，无需提前办理银行账户；

   • 后续处理 ：未直接结算的报销款需在15个工作日内由乡镇合管所集中提交至医保机构办理。

3. 异地就医报销

   若在异地就医，需确认当地医院是否支持新农合直接结算，否则需先垫付费用后回参保地报销。

三、政策依据与咨询渠道

• 法律依据 ：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条、第二十六条等条款规范了医保待遇标准和管理办法；

• 咨询渠道 ：可通过当地医保部门官网、乡镇合管所或12333热线咨询具体政策。

以上信息综合了国家政策及各地实践操作流程，具体以参保地最新规定为准。