农村合作医疗一年交了两次，可通过申请退费或保留一份保险解决。关键操作包括确认重复缴费、提交退费材料、等待审核退款，或选择保留一份保障。线下线上均可办理，需注意材料真实性与时效性。
若发现重复缴费，首先需通过查询记录或咨询当地医保局核实情况。确认后，准备身份证明、缴费凭证（如收据、银行转账记录）及退费申请表，线下可前往村委会或医保局窗口提交，线上可通过地方政务平台申请。审核通过后，退款将按原路径或指定账户返还，通常需等待1-3个月。部分地区支持支付宝/微信“城市服务”在线提交，需上传材料并填写退费申请表。
选择保留一份保险时，需综合考虑保障范围与报销比例。例如，若两份缴费时间不同，可保留覆盖周期更长的一份；若通过不同渠道缴纳，优先保留官方平台（如税务局专户）的缴费记录。保留后需办理保险关系确认手续，避免后续报销纠纷。
处理过程中需注意：退费申请宜早不宜迟，逾期可能影响审核效率；若遇机构拒办或拖延，可向社保行政部门投诉并提供证据；大额重复缴费或协商无果时，建议寻求法律帮助。保留所有缴费及退费凭证至少2年，以备后续核查。
及时处理重复缴费可避免医保账户异常，确保正常享受医疗报销权益。建议定期核对缴费记录，尤其通过代缴或线上渠道时，需确认扣款是否成功再二次操作。
