空肠、回肠憩室的病因目前尚未完全明确，一般认为与以下因素有关：
- 先天性因素：先天性憩室主要是由于胚胎发育早期卵黄管退化不完全，使得肠端末闭塞成为梅克尔憩室，多发生在 10 岁以下儿童，30 岁以后很少再发生症状。
- 后天性因素
- 肠腔内压力升高：暂时性肠梗阻、便秘、肠痉挛等情况可使肠腔内压力升高，压力将黏膜层或黏膜下层推出，从肌层薄弱处形成憩室。例如，长期便秘时，肠道蠕动功能紊乱，肠腔内压力持续处于较高水平，容易导致肠壁薄弱部位向外膨出形成憩室。
- 小肠动力失调：进行性系统性硬化症、内脏病和神经病变等可导致小肠平滑肌萎缩和纤维化，引起小肠动力失调。肠运动功能不协调，使得肠腔内高压，在大血管进入肌层的薄弱处，肠壁疝入而产生憩室，有时还会造成麻痹性肠梗阻。
- 肠壁完整性缺陷：正常空肠上段的终末血管粗大，肠系膜缘血管进入处的肠壁结构较薄弱，容易成为憩室的好发部位。若存在某些影响肠壁结构完整性的疾病或因素，也可能增加憩室形成的风险。
患有某些遗传性疾病，如美克尔憩室等，可能会导致空肠、回肠憩室发生风险增加。不良的饮食习惯，如长期暴饮暴食、饮食不规律等，可能影响肠道正常的蠕动和消化功能，在一定程度上也会增加发病几率。
