空肠弯曲菌肠炎通常预后较好，多数患者经及时治疗后可痊愈，一般不会留下后遗症。但在少数情况下，可能会出现一些远期影响，具体如下：

• 格林 - 巴利综合征：空肠弯曲菌感染是格林 - 巴利综合征最常见的前驱感染原因之一。大约每 1000 名弯曲杆菌结肠炎病人中会有 1 人发生格林 - 巴利综合征，不过若感染了可导致格林 - 巴利综合征的特异菌型的菌株，发病概率可提高到 1/100。患者主要表现为肢体对称性下运动神经元性瘫痪、感觉异常、面神经麻痹等，有 7%-15% 的残疾率，3%-10% 的死亡率，疾病负担较为严重。
• 反应性关节炎：部分患者在腹泻消退数天或数周后，可能出现反应性关节炎，常累及膝盖、髋部和跟腱等部位，引起发炎疼痛。一般认为这是由于机体免疫反应导致的关节炎症。
• 其他：有研究表明，空肠弯曲菌肠炎后可能会出现肌肉骨骼、神经病变或其他健康问题，如肌肉疼痛、乏力、头痛等，这些症状可能会持续一段时间，对患者的生活质量和工作能力产生一定影响。

如果患者在急性期病情严重，出现严重并发症，如肠出血、肠穿孔、中毒性巨结肠等，可能会对肠道结构和功能造成永久性损害，进而影响营养吸收、消化功能等，还可能需要进行手术治疗，术后也可能面临一些相关的并发症和后遗症。不过，这些严重情况相对较为少见。