肠道病毒可引起多种系统感染，不同系统感染的感觉和症状有所不同：
- 神经系统感染
- 无菌性脑膜炎：年长儿童和成人常感觉发热、头痛、呕吐、腹痛、咽痛、畏光，还常伴有皮疹。小婴儿可能没有明显的神经系统症状，但可能会出现惊厥。起病后 1-2 日可出现脑膜刺激征，病程一般为 5-10 日，大多不会发生瘫痪，但可能会有暂时性肌力减退，体力恢复较慢。成年患者的脑膜刺激征有时可持续数周甚至数月。
- 脑炎：表现为发热、神志障碍、惊厥、昏迷、平衡失调等，常伴有脑电图异常。在新生儿及婴儿中，CoxB 组病毒引起的播散性脑炎常与心肌炎、肝炎等同时存在，病情多危重，起病急，会频发惊厥，容易发生呼吸衰竭和心力衰竭，甚至导致死亡。
- 瘫痪性疾病：临床上以肢体软瘫为主，一般症状较轻，恢复快，极少留下后遗症，但在大流行中也可能遇到重症引起延髓麻痹者。
- 心脏疾病
- 急性心肌炎伴心功能衰竭：多见于新生儿，成人也可能发生。起病突然，会有阵咳、面色苍白、发绀及呼吸困难等症状，迅速出现心力衰竭，心音低钝，脉搏浅速，肝脏急剧增大，还可能伴有肺水肿。
- 心律失常：临床表现以过早搏动、心动过速或各类传导阻滞为主，通过心电图检查可确诊。轻者恢复快，数周后心律失常即可消失，但也可能持续数月不愈，甚至反复发作达数年之久，这一类型最为常见。
- 猝死：多见于青壮年，常在夜间发生，尸检证实为心肌缺血、广泛心肌坏死或梗死，可在心肌细胞内检测出肠道病毒抗原。
- 慢性心肌病：由 CoxB 引起的慢性心肌病变，涉及心脏传导系统、心内膜、心瓣膜或心包膜，可造成弹性纤维增生症、慢性心肌病、狭窄性心包炎等。胎儿期感染可导致先天性心脏病，如先天性钙化型全心炎等。
- 流行性肌痛或称流行性胸痛：潜伏期多为 2-5 日，最长 2 周。主要表现为发热（可达 39-40℃）和阵发性肌痛，可累及全身肌肉，以腹部肌肉最为多见，尤以膈肌受累为多。肌痛轻重不一，重者甚至可引起休克，肌肉活动时肌痛加剧，儿童肌痛稍轻，胸部摄片无异常。肌痛多在 4-6 日（12 小时 - 4 周）后自行消失，该病可间歇反复发作，但大多能自愈。
- 疱疹性咽峡炎：潜伏期平均约 4 日，表现为发热、咽痛，吞咽时咽痛更突出。咽部充血，在咽部、上颚、悬雍垂或扁桃体上可见散在灰白色疱疹，直径约 1-2mm，四周围以红晕，疱疹溃破形成黄色溃疡，少则 1-2 个，多可达 10 余个，多见于扁桃体、软腭垂，一般 4-6 日后自愈。
- 手足口病
- 第 1 期（手足口出疹期）：主要表现为发热，手、足、口、臀等部位出疹（斑丘疹、丘疹、小疱疹），可伴有咳嗽、流涕、食欲缺乏等症状。部分病例仅表现为皮疹或疱疹性咽峡炎，个别病例可无皮疹。此期病例属于手足口病普通病例，绝大多数病例在此期痊愈。
- 第 2 期（神经系统受累期）：少数病例可出现中枢神经系统损害，多发生在病程 1-5 天内，表现为精神差、嗜睡、易惊、头痛、呕吐、烦躁、肢体抖动、急性肢体无力、颈项强直等脑膜炎、脑炎、脊髓灰质炎样综合征、脑脊髓炎症状体征。大多数病例可痊愈。
- 第 3 期（心肺功能衰竭前期）：多发生在病程 5 天内，表现为心率、呼吸增快，出冷汗、皮肤花纹、四肢发凉，血压升高，血糖升高，外周血白细胞（WBC）升高，心脏射血分数可异常。
- 第 4 期（心肺功能衰竭期）：病情继续发展会出现心肺功能衰竭，多发生在病程 5 天内，年龄以 0-3 岁为主。临床表现为心动过速（个别患儿心动过缓），呼吸急促，口唇发绀，咳粉红色泡沫痰或血性液体，持续血压降低或休克。亦有病例以严重脑功能衰竭为主要表现，肺水肿不明显，出现频繁抽搐、严重意识障碍及中枢性呼吸循环衰竭等。此期病例属于手足口病重症病例危重型，病死率较高。
- 第 5 期（恢复期）：体温逐渐恢复正常，对血管活性药物的依赖逐渐减少，神经系统受累症状逐渐减轻。
- 其他：肠道病毒还可能引起呼吸道感染，出现咳嗽、流涕、鼻塞等症状；引起婴儿腹泻，表现为大便次数增多、性状改变等；引起出疹性疾病，出现各种皮疹。
