新生儿在医院死亡是否由医院承担责任，需根据具体医疗行为和因果关系综合判断，主要分为以下情形：

一、医疗事故导致的死亡

若医院及其医务人员在诊疗活动中存在违反医疗规范的行为，并直接导致新生儿死亡，则需承担赔偿责任。例如：

1. 诊疗规范违反 ：如产前检查漏诊严重胎儿畸形（如无脑儿、脊柱裂等六种严重畸形）；

2. 因果关系证明 ：需通过医疗事故鉴定确定医疗行为与死亡存在直接因果关系。

二、非医疗事故导致的死亡

即使不属于医疗事故，医院仍可能因以下原因承担责任：

1. 医疗过错 ：如未尽到告知义务（如未充分说明检查局限性）、未采取合理措施预防风险等；

2. 违反合同约定 ：若医院未履行医疗服务合同条款（如未提供合理护理指导）；

3. 其他过错 ：如医疗设备故障、药品质量问题等。

三、责任承担方式

1. 医疗事故责任 ：通过卫生行政部门鉴定后，依据《民法典》第一千二百一十八条或《侵权责任法》规定赔偿；

2. 违约责任 ：以违反合同约定为由，适用《民法通则》过错责任原则；

3. 侵权责任 ：直接侵害患者权益时，依据《民法典》第一千二百一十八条承担赔偿责任。

四、免责情形

若医院行为符合以下条件，可免责：

1. 无过错 ：诊疗行为符合规范，不存在过失；

2. 因果关系不存在 ：医疗行为与死亡无关；

3. 患者自身原因 ：如胎儿先天性疾病、产妇拒绝合理诊疗等。

五、处理流程

1. 申请鉴定 ：家属可向卫生行政部门申请医疗事故鉴定或医疗过错鉴定；

2. 法院诉讼 ：通过鉴定后，家属可向人民法院提起民事诉讼索赔。

注意 ：具体责任划分需结合案件事实、医疗记录、鉴定报告等多方面证据综合判断，建议及时咨询专业律师获取法律支持。