当烟草专卖许可证申请不予通过时，可通过以下步骤处理：

一、了解不予批准原因

1. 主动咨询

   向烟草专卖局申请书面说明不予批准的具体理由，要求其提供法律依据和事实依据。

2. 核对材料

   检查申请材料是否齐全，包括申请表、经营场所证明等，确认是否存在遗漏或错误。

二、根据原因整改

1. 符合条件补充

   若因材料不全或不符合要求，需在烟草专卖局规定时间内补充或修正材料。

2. 条件不达标处理

   若因经营场所、资金、人员资质等不符合要求，需整改至符合《烟草专卖许可证管理办法》规定。

三、法律途径维权

1. 申请行政复议

   若对不予批准决定不服，可依法向作出决定的烟草专卖局申请行政复议，通常需在收到决定书后60日内提出。

2. 提起行政诉讼

   若行政复议未获支持，可在收到复议决定书后15日内向人民法院提起行政诉讼。

四、其他注意事项

• 特殊情形处理 ：若因经营场所安全、中小学周边、取消经营资格未满3年等法定情形不予批准，需等待条件满足后重新申请。

• 布局错误修正 ：若因申请材料布局错误，需根据审查反馈及时修正并重新提交。

建议优先通过烟草专卖局官方渠道咨询具体拒绝理由，避免因信息不对称导致二次拒绝。若涉及复杂法律问题，可咨询专业律师。