桥墩钢筋保护层厚度不合格可以通过增加混凝土保护层厚度、环氧涂层增加耐久性、严格施工管理等方法处理。

增加混凝土保护层厚度

1. 提高钢筋骨架的定位精度：在钢筋骨架的顶部和底部进行精确控制，同时增强钢筋骨架自身的刚度，以减少中部位置的偏差。
2. 优化模板设计：使用高质量的定型钢模板，并确保其几何尺寸的准确性。模板的最大几何尺寸误差应控制在5mm以内，以保证成型后墩柱的几何尺寸符合设计要求。
3. 改进混凝土浇筑工艺：在混凝土浇筑过程中，采用合理的下料方式和振捣方法，避免钢筋与模板间垫块脱离位置。操作人员应避免上下振捣方式不当引起钢筋整体晃动，同时确保振捣棒插入位置正确，防止钢筋移位。

环氧涂层增加耐久性

1. 在桥墩混凝土表面刷环氧涂层：这是一种有效的补救措施，可以增加桥墩的耐久性。
2. 发布设计文件或确认处理措施：设计单位可以发布包含环氧涂层处理的设计文件，施工单位则需要请设计单位确认这一处理措施。

严格施工管理

1. 加强施工过程控制：在施工过程中，加强对钢筋骨架的定位、模板的安装以及混凝土浇筑等环节的监控。确保每个环节都符合设计要求和施工规范。
2. 使用保护层垫块：在钢筋骨架上合理布置与构件同标号的保护层垫块，并确保垫块的数量充足且绑扎牢固。这有助于在混凝土浇筑过程中维持钢筋与模板之间的距离。
3. 规范钢筋施工：避免野蛮作业，严格按照施工规范进行钢筋的加工和安装。对于细直径钢筋，要特别注意防止在浇筑过程中受到人力踩踏或设备碰撞而导致变形。

在处理桥墩钢筋保护层厚度不合格的问题时，可以采取增加混凝土保护层厚度、环氧涂层增加耐久性、严格施工管理等多种方法。这些方法可以根据实际情况单独或组合使用，以达到最佳的修复效果。