蛋白质的N端和C端分别代表氨基端和羧基端。
蛋白质是由氨基酸脱水缩合组成的链状大分子化合物,含有两个游离的末端,即氨基端(N端)和羧基端(C端)。蛋白质的N末端指氨基(-NH2)端,是蛋白质合成的起始端。蛋白质N末端测序就是对N-末端的氨基酸种类和排列顺序进行准确分析。随着生命科学研究和测序技术的发展,蛋白质末端序列的分析方法也不断更新、进步。目前,测定蛋白质或多肽N末端的方法主要有Sanger法、酶降解法、Edman法、二硝基氟苯法(FDNB法)、丹磺酰氯法(DNS法)和基于质谱的方法,其中Edman法和质谱法在N末端序列分析中应用最广。目前,C末端测序技术还不够成熟,常用的蛋白质C端测序方法主要有羧肽酶法、化学法和串联质谱法等。羧肽酶法和化学法的策略是通过酶解法或化学试剂裂解法获得C端氨基酸,再结合液相色谱或质谱技术对氨基酸种类进行鉴定。串联质谱法测定蛋白质C端序列的原理是将蛋白质样品酶解、消化成肽段混合物,然后对肽段混合物进行串联质谱分析,通过一级质谱信息选择C端肽段离子进行二级质谱分析,再根据二级质谱数据结合相应软件和数据库计算蛋白质的C端氨基酸序列。