二甲和三甲医院在等级、功能、考核标准、床位数、人员配置、科室设置、设施配置、承担医疗任务和科研能力等方面有所不同。

等级不同

三级甲等医院是中国内地对医院实行“三级六等”的划分等级中的最高级别。二甲医院属于二级甲等医院。

功能不同

三级医院是向几个地区提供高水平专科性医疗卫生服务和执行高等教育、科研任务的区域性以上的医院。二级医院是向多个社区提供综合医疗卫生服务和承担一定教学、科研任务的地区性医院。

考核标准不同

三甲医院考核的主要项目包括医疗服务与管理、医疗质量与安全、技术水平与效率。

床位数不一致

二甲医院住院床位总数100张至499张，三甲医院住院床位总数500张以上。

人员配置不一致

三甲医院每床至少配备1.03名卫生技术人员，每床至少配备0.4名护士，各专业科室的主任应具有副主任医师以上职称，临床营养师不少于2人，工程技术人员（技师、助理工程师及以上人员）占卫生技术人员总数的比例不低于1%。二甲医院每床至少配备0.88名卫生技术人员，每床至少配备0.4名护士，至少有3名具有副主任医师以上职称的医师，各专业科室至少有1名具有主治医师以上职称的医师。

科室设置不一致

二甲医院的临床科室至少有急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、麻醉科、传染科、预防保健科。三甲医院的临床科室在二甲基础上，增加了中医科、康复科。

设施配置不一致

二甲医院每床建筑面积不少于45平方米；病房每床净使用面积不少于5平方米；日平均每诊人次占门诊建筑面积不少于3平方米。三甲医院每床建筑面积不少于60平方米；病房每床净使用面积不少于6平方米；日平均每门诊人次占门诊建筑面积不少于4平方米。

承担医疗任务不同

三甲医院承担着教学、医疗、科研等任务，但二甲医院主要承担医疗任务。

科研能力不同

科学研究是医院的另一个基本任务。由于三甲医院的就诊人数较多，且疑难杂症较多，故需要承担的科研立项，承担医学院校学生的见习、实习，以及二甲医院的进修学习。但二甲医院承担着基层医疗工作者进修、学习。