颅底凹陷症的晚期症状通常较为严重，可能包括以下几种：

1. 后组脑神经障碍加重：吞咽困难进一步加剧，甚至无法进食进水，只能靠鼻饲或静脉营养支持；声音嘶哑程度加重，甚至完全失声；舌肌萎缩明显，舌头活动受限，严重影响语言和吞咽功能。

2. 高颅内压综合征：由于颅底凹陷导致枕骨大孔狭窄，脑脊液循环障碍，引起颅内压升高，患者会出现剧烈头痛、呕吐、视乳头水肿等症状。

3. 延髓和上颈髓受压体征更显著：四肢无力、瘫痪的情况更加严重，肌肉萎缩进一步发展，可能导致卧床不起；锥体束征阳性，病理反射更加明显；呼吸功能障碍加重，呼吸频率和深度异常，严重时可出现呼吸暂停，甚至呼吸衰竭。

4. 小脑功能障碍恶化：眼球震颤更加频繁和剧烈，共济失调症状加重，患者站立、行走困难，甚至无法独自坐立和站立，平衡能力几乎丧失；可能出现小脑性抽搐等症状。

5. 椎动脉供血不足症状加重：由于椎动脉受到压迫或刺激，导致脑部供血不足，患者会出现发作性眩晕、视力障碍、耳鸣、听力下降等症状，且发作频率增加，程度加重。

6. 其他症状：部分患者还可能出现大小便失禁等泌尿系统功能障碍，以及面部感觉减退、三叉神经痛等症状。

总的来说，颅底凹陷症晚期症状复杂且严重，会极大地影响患者的生活质量和生命健康。一旦确诊为颅底凹陷症，应及时就医并接受专业治疗，以控制病情进展并缓解症状。