肺曲菌病的表现因疾病类型不同而有所差异，具体如下：
- 急性侵袭性肺曲霉病：临床上常表现为不明原因的发热，胸部症状以干咳、胸痛最常见，还可出现咯血。当肺内病变广泛时则出现气急、甚至呼吸衰竭。
- 慢性坏死性肺曲霉病：病程长，病情较轻，症状常常比较隐匿，可见慢性咳嗽、咳痰、发热等，约有 15% 的患者可有咯血，表现为慢性支气管炎及反复轻度咯血。
- 气道侵袭性肺曲霉病：大气道受累，可表现为急性气管 - 支气管炎、细支气管炎、支气管肺炎等，常见频繁咳嗽、胸痛、发热、咯血等。
- 曲霉球：临床上常见症状为咯血、咳嗽、咳痰、气促、呼吸困难、胸痛、发热、体重减轻等。以咯血最为常见，发生率为 50%～90%，表现为痰中带血或少量咯血，也有大约 1/4 的患者有大量咯血。部分患者呈现隐匿性过程，持续多年无症状，但绝大多数最终出现症状。
- 过敏性支气管肺曲霉病：主要表现为喘息、咯血、黏脓痰、发热、胸痛和咳出棕色痰栓等，复发与缓解常交替出现。
肺曲菌病还可能出现一些并发症，如病变累及胸膜时，可并发胸膜炎或脓胸；由于黏液嵌顿导致支气管阻塞，可能会引起肺不张，甚至肺萎陷；容易合并肺部反复的细菌感染；有个别病例毗邻胸膜的曲霉球导致支气管胸膜瘘；肺曲菌病通过血行播散累及全身各组织或器官，可发生曲霉败血症，多发生于白血病、肝衰竭、慢性肺疾病、恶性肿瘤患者，发病急，病情进展迅速，病死率高，临床可见高热、胸痛、咯血、便血、休克、昏迷等症状。
