报销和医院等级有关。一般来说，医院等级越低，报销比例越高。
我国将医疗机构分为一级医疗机构、二级医疗机构和三级医疗机构。国家为了引导有序就医，鼓励患者小病在基层医院看，大病再去大医院看，在设定医保报销比例时，会使基层医院的报销比例高于大医院。以江西为例，居民医保的住院待遇政策规定，城乡居民在一级医疗机构或是社区医疗机构就医治疗，医保政策范围内报销比例为 90%；二级医疗机构报销比例为 80%；三级医疗机构报销比例为 60%。
同时，不同等级的医疗机构住院起付线也有所不同。通常低等级医疗机构的住院起付线小于高等级医疗机构的住院起付线。如《湖南省城乡居民基本医疗保险实施办法》规定，居民医保同一结算年度内第一次住院，基层医疗卫生机构起付标准为 200 元；一级医疗机构或不设等级医疗机构为 500 元；二级医疗机构为 800 元；三级医疗机构为 1200 元；省部属医疗机构为 2000 元。
不过，也有特殊情况，如宣城市规定省外医疗机构报销比例与医院等级没有关系，按规定转诊备案后，省外医疗机构普通住院政策范围内医药费用去除起付线后报销比例为 60%，未按规定转诊，在市外定点医疗机构住院治疗的，报销比例（含保底比例）再降低 10 个百分点。
