北医三院和北京协和医院在生殖科领域各有优势，无法一概而论哪个更好，具体选择取决于患者的具体情况和需求。以下是对两家医院生殖科的详细比较：

一、医院背景与声誉

1. 北医三院：始建于1958年，是国家卫生计生委委管的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。其生殖医学中心是中国大陆第一例试管婴儿诞生地，也是世界上诊疗规模最大、技术最全面的生殖健康研究中心之一。

2. 北京协和医院：创建于1921年，是中国历史最悠久、综合实力最强的医院之一，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。其辅助生育中心成立于2001年，虽然相对年轻，但发展迅速，在国内外也享有较高声誉。

二、专家团队

1. 北医三院：拥有乔杰、刘平、李美芝等多位在生殖医学领域具有深厚造诣的专家。乔杰教授是我国著名妇产科学专家，在妇科内分泌、辅助生殖技术等领域有着丰富的经验和卓越的成就。

2. 北京协和医院：有郁琦、何方方、邓成艳等知名专家。郁琦教授在辅助生殖技术领域有着丰富的经验，擅长制定个性化的治疗方案；何方方教授则在不孕不育的诊断和治疗方面有着独到的见解。

三、技术实力

1. 北医三院：是国内首批生殖医学临床培训基地，先后诞生了我国大陆首例和第二例试管婴儿、首例赠卵试管婴儿、首例冻融胚胎试管婴儿及世界第二例、国内首例“三冻”试管婴儿等。目前能够开展该领域中的所有技术，包括宫腔镜和腹腔镜检查和治疗等，还积极探索宫、腹腔镜微创手术在生殖内分泌疾病和不孕症诊治中的应用。

2. 北京协和医院：在生殖内分泌疾病的诊断和治疗方面同样具有较高的水平，能够针对不同病因导致的不孕不育进行个体化治疗。近年来，在辅助生殖技术方面也取得了显著的进步，成功率不断提高。

四、患者体验

1. 北医三院：由于名气较大，慕名而来的患者众多，导致号源紧张，挂号难度较大。同时，患者数量多也使得就医环境相对拥挤，等待时间可能较长。不过，医院提供了多种挂号途径和就诊指导，方便患者就医。

2. 北京协和医院：同样存在挂号难的问题，尤其是专家号更是一号难求。但医院的环境相对较好，装修较新，候诊时座位充足，独立诊区也保护了患者的隐私。

北医三院和北京协和医院的生殖科都是国内顶尖的医疗机构，各自具有独特的优势。患者在选择时应根据自身情况、医生专长、医院环境等多方面因素进行综合考虑，以做出最适合自己的选择。