年收入未超过 12 万但仍需补税，主要有以下几种情况：
- 有多项综合所得：新税法要求年度终了后，纳税人需汇总工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费等四项综合所得合并计税。若纳税人除工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费等收入，各项综合所得的收入加总后，可能会导致适用综合所得年税率高于预扣率，从而产生补税情况。例如，某人工资薪金所得适用的预扣率较低，但加上劳务报酬等其他综合所得后，全年综合所得适用的税率提高，就需要补税。
- 扣除项目有误：
- 扣除了不该扣除的项目：部分纳税人对个税专项附加扣除了解不够透彻，对政策的适用存在疑问或理解误区，导致预扣预缴时扣除了不该扣除的项目，或扣除金额超过规定标准，个税汇算时需要调减扣除项目，进而需要补缴税款。比如，夫妻双方在填写住房贷款利息专项附加扣除时，都按 100% 的比例填报，而实际上只能由一方按 100% 扣除或双方各按 50% 扣除，这种情况就需要更正申报并补税。
- 扣除金额计算错误：在计算专项附加扣除、专项扣除等项目时，若计算错误导致扣除金额不准确，也会影响应纳税额。如在计算大病医疗专项附加扣除时，未按规定的扣除范围和标准计算，多扣除了金额，在汇算清缴时就需要调整并补税。
- 扣缴义务人未依法履行扣缴义务：纳税人取得综合所得时存在扣缴义务人未依法预扣预缴税款的情况，不在免予年度汇算的情形之内，需要依法据实办理汇算并补税。比如，扣缴义务人未按规定为纳税人申报收入并预扣预缴税款，或者少申报了收入，导致纳税人预缴税额小于应纳税额，就需要补税。
- 年度内更换任职受雇单位：部分纳税人在年度内更换任职受雇单位，新单位无法累计前单位申报的收入，预扣预缴的个税相当于重新计算，即预扣率从低税率起算，个税汇算时，综合所得年税率可能会高于预扣率，从而需要补税。例如，某人上半年在一家公司工作，下半年跳槽到另一家公司，两家公司分别按各自的预扣率计算预扣税款，但全年综合所得合并计算后，适用的税率更高，就会产生补税差额。
- 从两处以上单位取得工资薪金：纳税人从两处以上单位取得工资薪金收入，可能存在预缴税款时重复扣除减除费用的情况。因为每个单位在预扣预缴时都扣除了每月 5000 元的基本减除费用，而年度汇算时基本减除费用只有 6 万元 / 年，所以需要补税。全年综合所得加总后适用税率也可能高于预扣率，导致需要补缴税款。
