北京六院一般指北京市第六医院，北大六院是北京大学第六医院，二者主要有以下区别：
- 医院性质与隶属关系：北京市第六医院是二级甲等综合医院，属于北京市东城区卫健委管辖。北京大学第六医院是全国唯一的国家卫生健康委委属管三级甲等精神专科医院，是北京大学精神病学与精神卫生学的临床医疗、人才培训与科学研究基地。
- 历史沿革：北京市第六医院始建于 1905 年，其前身为美国基督教长老会创办的 “妇婴专科医院”。北京大学第六医院的精神病学专业创建于 1942 年，为北京大学医学院附属医院设立的神经精神科，后历经变迁与发展，1992 年增加北京医科大学第六医院名称，2000 年更名为北京大学第六医院。
- 科室设置：北京市第六医院科室设置较为综合，有内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科等临床科室和医技科室。北京大学第六医院以精神心理疾病诊疗为核心，设有综合病房、特需医疗病房、老年病房、儿童病房、临床心理病房、睡眠医学科病房等亚专科病房，以及酒药依赖和进食障碍等特色病种病房，门诊有普通门诊、专家门诊、特需门诊、中西医结合门诊等，还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍等相关专业门诊。
- 医疗服务范围：北京市第六医院提供综合医疗服务，可处理各种常见疾病及多发病，能满足周边居民日常就医需求。北京大学第六医院主要针对精神心理疾病患者，提供包括诊断、治疗、康复、心理咨询等一系列专业服务，接收来自全国各地的急症、重症、难治的精神障碍患者，也为高端人群和国外使领馆外交人士提供特需医疗服务。
- 科研教学：北京市第六医院承担一定教学任务，为基层医疗单位培养人才，也开展一些科研工作，但在科研规模和影响力上相对较小。北京大学第六医院是世界卫生组织（WHO）北京精神卫生研究和培训协作中心，拥有国家精神心理疾病临床医学研究中心、国家精神疾病医学中心，还是首批教育部精神病与精神卫生学国家重点学科，承担北京大学精神病学及相关临床教学和实习，在精神医学领域科研成果丰硕，对全国精神科专科培训起到重要作用。
