南京社保和上海社保是可以合并的，但需要遵循一定的流程和条件。根据最新的政策和操作指南，以下是将南京社保合并到上海社保的一些关键步骤和注意事项：

合并的前提条件

跨省转移养老保险关系通常要求参保人员年龄限制：男性不满50周岁、女性不满40周岁的跨省流动就业人员可以申请办理基本养老保险关系转入接续手续。这意味着如果你符合上述年龄限制，你就有资格进行社保关系的转移。

准备材料

为了完成社保关系的转移，你需要准备一系列文件，这包括但不限于身份证、户口本、解除劳动合同证明、参保凭证等。还需要从原参保地（如南京）获取《基本养老保险参保缴费凭证》以及《基本医疗保障参保（合）凭证》。

办理流程

1. 开具参保缴费凭证：在离开原参保地前，需前往当地的社保经办机构申请开具《基本养老保险参保缴费凭证》和《基本医疗保障参保（合）凭证》。这是转移社保的第一步，也是最重要的一步。

2. 提交转移申请：拿到上述凭证后，前往新就业地（如上海）的社保经办机构，并携带相关证件提出转移申请。此时，新就业地的社保机构会与原参保地的社保机构联系，处理具体的转移事宜。

3. 等待审核及通知：整个过程可能需要一段时间来完成，因为涉及到两个不同省份之间的沟通协调。在此期间，你可以通过电话或其他方式查询进度。

4. 确认转移结果：一旦转移成功，你的社保记录将在新就业地得到更新，之前在南京的缴费年限和个人账户余额将被累计计算到上海的账户中。

值得注意的是，在实际操作过程中可能会遇到一些挑战，比如信息不一致或两地社保政策差异导致的计算衔接问题。因此，在开始转移程序之前，最好先咨询当地社保服务中心了解最新规定，并确保所有个人信息准确无误。

对于医疗保险而言，虽然它也可以随养老保险一同转移，但在某些情况下可能存在不同的处理方式。例如，在上海缴纳的医疗保险账户资金可能无法直接转移到其他城市，而是建议在上海使用或者申请退费。

南京和上海之间的社保合并是可行的，但是具体执行时需要严格按照相关政策指引进行，并且要准备好相应的材料，耐心等待相关部门的审核与处理。如果有任何疑问，可以通过拨打12333等官方服务热线寻求帮助。