合作医疗报销比例较低的原因主要有以下几个方面：

1. 1.缴费水平低：合作医疗的缴费水平相对较低，例如城乡居民医疗保险每年仅需缴纳300多元，而职工医疗保险的缴费水平则要高得多，通常在10倍以上
2. 2.医保目录限制：医保报销有一定的目录限制，只有在医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施才能报销。使用医保目录外的药品或服务时，这些费用需要自费支付，从而降低了实际报销比例
3. 3.起付线和封顶线：合作医疗设有起付线和封顶线。起付线是指患者需要自付的最低医疗费用，超过起付线后的费用才能报销。封顶线是指医保基金支付的上限，超过封顶线的费用也需要自费支付
4. 4.医院等级和报销比例：不同等级的医院报销比例不同。一般来说，基层医院的报销比例较高，而三级医院的报销比例较低。例如，村卫生室的报销比例可以达到60%，而三级医院的住院报销比例可能只有30%。这种设置旨在引导患者合理利用医疗资源，避免过度依赖高级别医院。
5. 5.异地就医的影响：异地就医的报销比例通常较低，因为异地就医执行的是就医地医保目录，而报销比例和起付线等则按照参保地政策执行
6. 6.个人自付部分：在实际就医过程中，患者可能需要承担一些自费项目，如医保目录外的药品、特殊医疗服务等。这些自费项目会降低整体报销比例
7. 7.政策导向和改革进程：随着国家政策的调整和改革进程的推进，报销比例也可能会发生变化。例如，国家可能会出台相关政策，提高特定病种或特定人群的报销比例。

合作医疗报销比例较低是由多种因素共同作用的结果，包括缴费水平低、医保目录限制、起付线和封顶线、医院等级和报销比例、异地就医的影响、个人自付部分以及政策导向等。