医疗机构在抗菌药物的管理中，临床应用管理是至关重要的一环。以下是医疗机构在抗菌药物临床应用管理中的关键要素和措施：

1. 制定和发布管理制度

各医疗机构需对照国家和各级卫生健康行政部门的政策、规定，结合本机构特点，制定、完善抗菌药物管理具体措施并经本机构药事管理与药物治疗学委员会和医疗质量管理委员会共同讨论、通过后发布实施3。

2. 完善抗菌药物管理团队和明确核心人员

抗菌药物管理需要在药事管理与药物治疗学委员会下设立抗菌药物管理工作组，建立多学科的专业化工作团队，各司其职3。

3. 制订感染性疾病诊疗规范

各临床科室应结合本地区、本医疗机构病原构成及细菌耐药监测数据，制定或选用适合本机构感染性疾病诊治与抗菌药物应用指南，并定期更新5。

4. 抗菌药物处方干预

医疗机构应加强对抗菌药物处方的审核和干预，确保抗菌药物的合理使用3。

5. 抗菌药物临床应用管理过程和效果的评价

医疗机构应定期对抗菌药物临床应用情况进行评估，包括使用率、使用强度、细菌耐药情况等，并根据评估结果采取相应的干预措施3。

6. 提高感染性疾病诊断水平，完善抗菌药物管理模式

医疗机构应加强感染性疾病的诊断能力，完善抗菌药物管理模式，提高抗菌药物临床应用水平3。

7. 感染性疾病规范诊治与抗菌药物规范管理培训

医疗机构应加强对医务人员的培训，提高其对感染性疾病的诊治能力和抗菌药物的合理使用水平3。

8. 抗菌药物分级管理

根据安全性、疗效、细菌耐药性、价格等因素，将抗菌药物分为非限制使用级、限制使用级与特殊使用级，并制定相应的管理措施9。

9. 抗菌药物供应目录和处方集的制定

医疗机构应按照《抗菌药物临床应用管理办法》的要求，严格控制抗菌药物供应目录的品种、品规数量，并建立对抗菌药物供应目录定期评估、调整制度5。

10. 抗菌药物临床应用监测

医疗机构应每月对院、科两级抗菌药物临床应用情况开展调查，包括使用率、使用强度、细菌耐药情况等，并定期向全国抗菌药物临床应用监测网报送相关数据5。

通过以上措施，医疗机构可以有效加强抗菌药物的临床应用管理，促进抗菌药物的合理使用，减少和遏制细菌耐药，保障医疗质量和医疗安全。