根据搜索结果，商丘市提高新农合报销比例至90%需从以下方面综合施策：

一、加大财政投入与医保基金优化

1. 增加财政补贴

   通过调整财政预算，向农村医疗保障倾斜，直接提高基础报销比例。例如，可参考其他地区经验，将门诊、住院报销比例逐步提升至90%。

2. 扩大报销范围

   将更多常见疾病、慢性病及特殊病种纳入报销范畴，降低起付线标准。如糖尿病、高血压等慢性病在基层门诊的报销门槛可进一步降低。

二、推动医疗资源下沉与服务质量提升

1. 加强基层医疗机构建设

   提升乡镇卫生院、村卫生室的医疗设备水平和医务人员素质，减少农民因小病大返院或转诊至大医院的费用支出。

2. 完善分级诊疗机制

   通过政策引导，鼓励患者优先在基层医疗机构就诊，例如对在乡镇卫生院住院的患者提高报销比例至90%，而市立医院维持原有比例。

三、完善多层次医疗保障体系

1. 鼓励商业健康保险

   推广商业补充保险，与基本医疗保险形成互补，降低农民自费比例。

2. 建立差异化的报销机制

   逐步消除城乡报销比例差异，例如将市立医院门诊报销比例从60%提升至90%，同时提高特殊病种报销额度。

四、强化政策宣传与健康教育

1. 提高参保意识

   通过开展健康教育活动，普及疾病预防知识，降低发病率，从源头上减少医疗费用支出。

2. 优化报销流程

   简化报销手续，缩短报销周期，提升农民对医疗保障的获得感。

参考案例与建议

• 河南省经验 ：2011年新农合改革后，通过提高住院报销比例（乡级90%、县级80%等）和大病保障额度，显著降低农民医疗负担。

• 商丘市现状 ：可结合自身经济实力，参照上述措施，分阶段推进报销比例提升，优先解决城乡差异和特殊病种保障不足的问题。

建议商丘市制定具体实施方案，明确责任主体和时间节点，并定期评估政策效果，确保改革措施落到实处。