农村合作医疗在三甲医院门诊可以使用，但有一定的条件和限制。具体如下：

1. 报销条件

   • 参合农民在三甲医院门诊就诊，通常需要符合当地规定的转诊流程。例如，在一些地区，如果是因病情需要从基层医疗机构转诊到三甲医院的，其门诊费用可以得到新农合报销；而如果没有经过转诊直接去三甲医院门诊就医，可能无法享受报销或报销比例会降低。
   • 所患疾病必须在新农合门诊统筹病种范围内。不同地区的新农合门诊统筹病种有所不同，一般包括常见慢性病、特殊慢性病等。比如高血压、糖尿病等慢性病，在符合条件的情况下，患者在三甲医院门诊的治疗费用可以按规定报销。

2. 报销比例

   • 各地对于农村合作医疗在三甲医院门诊的报销比例规定不一。有的地区可能按照门诊费用的一定比例进行报销，如部分地区的新农合在三级医院门诊的补偿比例为20%左右。
   • 对于检查费用和手术费用，有些地区每次限额50元；处方药品费用每次限额200元。

3. 起付线

   • 部分地方设有门诊报销起付线，即患者需要在门诊医疗费用达到一定金额后，超过起付线的部分才能按规定报销。

农村合作医疗在三甲医院门诊的使用是有条件和限制的，具体规定需参照当地的新农合政策。建议在使用前咨询当地相关部门或机构以获取准确信息。