根据搜索材料和相关政策，农村医保自费超过三万的情况下，通常是可以进行第二次报销的，但具体条件和报销比例可能因地区而异。以下是一些关键点：

1. 1.二次报销的条件：参保类型：必须参加城乡居民医保或新农合（新农合即新型农村合作医疗保险）自费金额：自费部分超过一定金额（通常为上一年度农村居民人均纯收入）才有资格申请二次报销医疗费用证明：需要提供相关的医疗费用证明，包括费用清单、发票、诊断证明等
2. 2.报销比例：分段计算：通常情况下，自费部分在一定金额（如5万元）以内的，按50%报销；超过5万元的部分，按60%报销无封顶线：二次报销通常没有封顶线，即自费部分越高，报销金额也越高
3. 3.申请流程：结算窗口：一般来说，二次报销可以直接在医院的结算窗口进行结算，如果医院全国联网，可以在住院时用医保卡登记，出院时在大病结算窗口用医保卡报销。当地医保部门：如果是异地就医，出院后需要携带身份证、医保卡和治疗证明等资料，到当地医保机构申请大病报销。
4. 4.具体案例：案例1：假设农民A当地农民年人均纯收入是6000元，住院治病个人花费了61800元，减去当地农民人均年纯收入6000元，还有55800元，超过5万，按60%报销，可以报销34080元。案例2：某地区规定自费部分在1-20万元区间的，可享受80%的二次报销；自费费用在20万元以上的，则可能享受90%的二次报销

农村医保自费超过三万的情况下，通常是可以进行第二次报销的，但具体的报销比例和流程需要根据当地的政策规定来确定。建议您直接咨询当地医保部门或相关机构，以获取最准确的信息和指导。