以下是一些比较好的肛门外科医院：
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北京肛肠医院（北京市肛肠医院）：这是全国最大的以诊治各种复杂、疑难和重症肛肠疾病为特色的三级甲等中西医结合医院，创立于1937年，总建筑面积4.2万平方米，开放床位400张，年门诊量70万，手术量13000余例。拥有自主知识产权特色品牌制剂50余种临床应用50余年，其肛肠诊疗核心技术位于国内国际领先水平，在肿瘤、炎性肠病等疑难重症疾病的诊治上处于国内先进水平。
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海军军医大学第一附属医院（长海医院）肛肠外科：是国家重点学科、国家重点临床专科、国家临床重点专科的军队建设学科，现为国家重点学科、国家临床重点专科、中国人民解放军肛肠军病重点实验室、国家重点学科联合建设单位。该科室以肛肠疾病的诊断与治疗为特色，集医疗、教、研为一体综合发展，在结直肠癌、炎性肠病、失禁、便秘、重症感染等疑难重症疾病诊治上形成鲜明特色，并在直肠癌超低位保肛，肠肝转移，肠镜检查及治疗等方面形成鲜明的特色。
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北京大学人民医院胃肠外科：作为教育部创新团队、北京市重点学科、北京市住院医师规范化培训基地，承担了北京大学医学部本科、硕士、博士和博士后的培养工作，已毕业硕/博士研究生130余人。主持开展了“十五”科技攻关计划、国家863计划、国家自然科学基金重大项目等多项重大科学研究项目，并先后获得国家科技进步二等奖一项、国家级教学成果一等奖两项、北京市教学成果一等奖一项、北京市科学技术一等奖一项、北京市教学成果二等奖两项等。
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浙江大学医学院附属第一医院结直肠外科：是省内最大且在国内具有相当影响力的专科，上世纪50年代初，科主任陆琦医师建立痔科，先后两次为周恩来总理治疗痔疾而闻名海内外。经过60余年的发展，从最初的痔科发展成为目前涵盖结直肠肿瘤、炎症性肠病、疝气、放射性肠炎、慢性便秘、肛周良性疾病等十个亚专科的综合性科室。
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中山大学附属第六医院胃肠肛门专科：是广东省内最大并在国内具有一定影响的专科之一，拥有博士导师34人，硕士导师72人，高级职称者50余人。设置专科床位800张，拥有国内最高水平之一的结直肠、胃肿瘤会诊诊治中心，开设华南地区首家结直肠MDT门诊、炎症性肠病MDT门诊、胃肿瘤MDT门诊和结直肠肿瘤MDT门诊，分设结直肠肛门学组、炎症性肠病学组、放射介入学组等十个亚专科群，根据疾病细分胃肠肛门学科群，做到专业、专病、专业护理，服务、护理专业。
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上海交通大学医学院附属瑞金医院肛肠外科：是院特色专业之一，在全国有广泛的社会影响。拥有国内外知名的专家教授，在疑难肛肠疾病治疗方面深有造诣。现有床位25张，主任医师、教授1名，副主任医师3名，医师当中均为硕士研究生以上学历。目前承担了多项国家自然基金课题。
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复旦大学附属中山医院普外科：创建于1946年，学科创始人是著名外科学家沈克非教授，目前是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科。擅长普外科疾病的规范化诊疗，特别是胃肠道肿瘤的外科及规范化综合治疗。
总的来说，这些医院在肛门外科领域具有较高的声誉和专业水平，但具体选择哪家医院还需根据患者的具体情况、医院的地理位置、医保政策等因素进行综合考虑。同时，患者在接受治疗前应充分了解医院的相关信息，并与医生进行充分的沟通，以确保得到最适合自己的治疗方案。
