曙光医院和仁济医院都是上海知名的三甲医院，各有其优势，难以简单地评判哪个更好。以下是对这两家医院的综合对比：
- 医院实力
- 曙光医院：是沪上一所百年老院，三级甲等综合性中医院，省部共建研究型中医院，位列上海十大综合性医院之一，全国示范中医院，在中医领域有着深厚的底蕴和卓越的声誉。在 2019 届顶级医院 100 强榜单中排名第 84。
- 仁济医院：建于 1844 年，是上海开埠后第一所西医医院，是学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。在 2019 年度医院综合实力排名榜（复旦版）中位列全国第十五名。
- 科室优势
- 曙光医院：中医特色显著，优势突出，拥有国家教育部重点学科 3 个，国家中医药管理局重点学科 9 个，卫健委临床重点专科 6 个，中管局重点专科 14 个。如中医骨伤科学、中医内科学、中药学等学科实力强劲，肾病科在中医院排名榜上位列前十，在治疗早中期慢性肾衰、终末期肾病等方面有独特优势。
- 仁济医院：多个学科处于国内领先地位，部分领域达国际先进水平。在全国医院专科声誉排名中，消化内科排第二，风湿免疫科排第三，变态反应科排全国第四、麻醉科排全国第六，泌尿外科排第七，核医学科、生殖医学科排全国第十。
- 医疗设备
- 曙光医院：配备了 3.0T 核磁共振仪、128 排双源螺旋 CT、SPECT/CT、PET/CT 等大型医疗设备，在药学部门配置了全自动发药机、全自动包药机等先进设备。
- 仁济医院：拥有先进的医疗设备，如达芬奇手术机器人等，为临床诊断和治疗提供了有力支持。由于仁济医院规模较大且不断发展，在设备的更新和引进上也一直处于较高水平。
- 科研能力
- 曙光医院：以建设研究型医院为目标，现有校级研究所 5 个、院级研究所 9 个，中医药科研三级实验室 5 个。成立了国家教育部重点实验室 —— 肝肾病证省部共建实验室，具备国际标准的 I 期药物临床试验病房，每年获立项的科研经费约 1.5 亿元左右。
- 仁济医院：近年来，医院申请到的科研项目及专利逐年递增，包括国家级的 973 计划、863 计划、国家自然基金（重大、重点、创新研究群体）项目等，2020 年科研经费近 3 亿元。在施普林格・自然集团发布的 2021 年全球医疗机构 “自然指数” 百强榜中，仁济医院论文相关指标位列全球排名第 22 名，处于全国第一。
- 生殖医学方面
- 曙光医院：可开展夫精供精人授、一二代试管婴儿，试管婴儿成功率在 50% 左右，费用在 3 - 6 万元之间。
- 仁济医院：可开展夫精人工授精、一二三代试管婴儿，三代试管婴儿成功率可达 65%，费用在 3 - 8 万元左右。如果患者需要做第三代试管婴儿，只能选择仁济医院。
如果是看中医相关疾病，或者希望采用中西医结合的方法治疗，曙光医院是较好的选择；如果是看西医疾病，尤其是消化、风湿、泌尿等仁济医院的优势专科，仁济医院更为合适。在选择医院时，还可以考虑医院的地理位置、就医环境、挂号难易程度等因素。
