四川肛肠科在全国的排名没有确切的整体统计，但四川有不少肛肠科实力强劲的医院，在全国处于较高水平。
例如，四川大学华西医院的肛肠科是国内规模最大、技术最先进的科室之一，擅长微创手术治疗，如 PPH（吻合器痔上黏膜环切术）、TST（选择性痔上黏膜吻合术）等，在 2023 年全国十大肛肠医院排名中榜上有名。在 2021 年度中国医院科技量值（STEM）排行榜（综合）中，四川大学华西医院连续第九年稳居全国第一，其普通外科学排名第二。在复旦大学中国医院排行榜上，华西医院连续第 11 年综合排名全国第二，其普通外科专科综合排行榜上排名第三。这些都能从侧面反映出华西医院肛肠科的实力。
成都肛肠专科医院是中国西部唯一一所国家三级甲等胃肠肛门专科医院，也是中国西南肛肠病技术中心，其肛肠科是四川省卫生厅肛肠类唯一的医学甲级重点专科，成都市卫生局重点专科。该院的肛肠皮肤性疾病科在 2024 年以全市第四的高分成绩通过成都市卫生健康委员会的重点专科验收。
四川省医学科学院・四川省人民医院的肛肠外科是规范化外科治疗结直肠肛门良恶性疾病及各种疝病的专科科室，在治疗痔疮、肛裂、混合痔等方面具有显著优势，医院在复旦综合榜全国第 38 名。川北医学院附属医院中西医结合肛肠（痔瘘）科是国家 “十一五” 中医重点专科、国家临床重点专科（首批中医）、国家 “十二五” 中医药重点学科，是川东北地区成立最早、设备最先进、技术力量最强的肛肠专科，专科排名全国前列。
