水土保持监测主要由水利部门负责管理。国务院水行政主管部门主管全国的水土保持工作，并在国家确定的重要江河、湖泊设立流域管理机构，在其管辖范围内依法承担水土保持监督管理职责。
在全国层面，水利部综合事业局直属事业单位——水利部水土保持监测中心是我国水土保持监测业务工作的归口主管单位，负责组织开展水土流失综合治理与生态修复、研究水土流失综合治理措施技术标准体系、开发建设项目水土保持方案技术审查等工作。
在地方层面，县级以上人民政府的水行政主管部门也承担着重要的水土保持监测法定职责，包括但不限于加强水土保持监测工作，发挥其在政府决策、经济社会发展和社会公众服务中的作用，并保障相应的监测工作经费。
根据相关资料，水土保持监测还涉及到其他多个部门的合作。例如，国家林业和草原局（简称国家林草局）和国家自然资源部也是水土保持工作的监管部门。国家林草局负责森林、草原和水土保持工作的政策制定、规划管理和生态修复等；国家自然资源部则负责全面统筹自然资源的管理和保护工作，其中包括水土保持的相关内容。
值得注意的是，虽然水利部门是水土保持的主要管理部门，但实际工作中也会与其他相关部门协作。例如，农业、国土资源、环境保护等部门按照各自职责，共同参与水土流失预防和治理工作。这种跨部门合作有助于更有效地推进水土保持监测和管理工作，确保各项措施能够得到科学实施，并最终达到保护生态环境的目的。
尽管水利部门是水土保持监测的主要管理者，但在实际操作中，这项工作需要多个政府部门之间的紧密合作，以确保水土保持监测的有效性和全面性。各个层级的水利部门在其中扮演了核心角色，而其他相关部门则提供了必要的支持和协同。
