草甘膦和草铵膦对根的影响有所不同，具体如下：
- 草甘膦：是内吸传导型广谱灭生性除草剂，通过茎叶传导到地下部，对深根杂草的地下组织破坏力强，能达到一般农业机械无法达到的深度。如果喷施草甘膦后短时间内下雨，雨水带着药液直接灌到根系周围的土壤中，会使果树根系直接吸收而伤根。果园土壤翻耙和不合理的施肥措施，会使果树根系分布变浅，甚至部分根系露在土壤表面，使用除草剂时药液喷到根部，也会造成伤根。而且草甘膦的降解产物磷酸根易与土壤中的铁、锌等结合，降低铁、锌的有效性，使植物因缺铁、锌而出现小叶、花叶、丛枝等症状，间接影响根系发育。不过，正常使用时草甘膦入土后很快与铁、铝等金属离子结合而失去活性，一般不会对树根造成伤害。
- 草铵膦：属于膦酸类非选择性传导型除草剂，是半内吸或内吸很弱无传导的触杀灭生除草剂。它主要通过植物的茎叶部分吸收进入植株内部，然后通过植物的蒸腾作用在植物的木质部进行传导。草铵膦接触土壤后会被土壤中的微生物迅速分解，生成二氧化碳、3 - 丙酸和 2 - 乙酸，失去药效，植株根部基本吸收不到草铵膦，所以一般情况下打到树根上也没有很大影响。
草甘膦在特定情况下会伤根，而草铵膦一般对根系影响较小。
