药店收到医保中心打款时的账务处理如下：
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收到医保款项时
当医保中心将款项打入药店账户时，需根据实际到账金额进行账务处理。此时，医保支付部分应计入其他应收款（待结算的社保款项），顾客自付部分直接计入银行存款。
会计分录
$$借：银行存款 \quad (\text{顾客自付部分})$$
$$贷：其他应收款-社保 \quad (\text{医保支付部分})$$ -
月末结算时
每月末需从其他应收款中转入银行存款，完成与医保部门的结算。此时需核对医保返回的结算清单，确保金额准确。
会计分录
$$借：其他应收款-社保 \quad (\text{上月未结算金额})$$
$$贷：银行存款 \quad (\text{实际收到的医保款})$$
$$借：其他应收款-社保 \quad (\text{本月新增未结算金额})$$
$$贷：银行存款 \quad (\text{本月新增医保款})$$ -
注意事项
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若医保账户存在未结算余额，需在结算前保持账户余额充足，避免影响正常购药；
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具体会计科目可能因地区政策或会计政策不同存在差异，建议咨询当地医保部门或税务机关确认。
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通过以上步骤，可确保医保收入与自付部分准确核算，保障药店财务数据真实性。
