根据搜索结果，2025年福建厦门地区在头痛治疗方面具有较高专业水平的医院主要包括以下几家：

一、综合医院及专科医院推荐

1. 厦门医学院附属第二医院

   • 科室优势 ：神经内科是重点科室，拥有18位可挂号医生，综合评分95，擅长难治性头痛、脑血管病、眩晕等头痛相关疾病的治疗。

   • 最新动态 ：改扩建工程获批，进入实质性建设阶段。

2. 厦门市第二医院

   • 科室优势 ：神经内科可挂号18位医生，综合评分95，设有103个科室，555位医生，是集美区重点综合医院。

3. 厦门市儿童医院

   • 科室优势 ：神经外科有11位医生，综合评分382，擅长外伤后头痛、脑血管病等儿童相关头痛的诊疗。

4. 厦门中医院

   • 科室优势 ：中医科及神经外科联合诊疗，综合评分382，提供针灸、中药及手术治疗头痛。

二、其他相关医院

• 集美区杏林分院 ：神经内科7位医生，综合评分0，地址杏林洪埭11号。

• 同翔高新城中心医院（一期） ：新院区建设项目获批，预计提升区域医疗服务能力。

三、选择建议

• 神经类头痛 ：优先考虑厦医附二院、集美区第二医院。

• 外伤后头痛 ：厦门市儿童医院神经外科较有经验。

• 中医调理 ：厦门中医院结合中西医优势，适合慢性头痛患者。

• 关注动态 ：同翔高新城中心医院改扩建后可能增加相关科室资源。

建议根据具体头痛类型及医院专科方向，结合医院最新建设进展（如厦医附二院改扩建）进行选择，并通过官方渠道预约挂号。