药品第三方检测机构的收费标准没有统一的固定金额，会受到检测项目、检测方法、药品类型、检测机构等多种因素影响。
按检测项目分类收费
- 常规理化指标检测：如干燥失重测定，一般收费 130 元 / 项；灰分测定 80 元 / 项；崩解、溶散时限检查 100 元 / 项。
- 含量测定：像甲醇量测定 550 元 / 项；乙醇量测定（气相色谱法）550 元 / 项；每掀或每吸主药含量测定 600 元 / 项。
- 特殊项目检测：过敏试验（组胺检查法）2600 元 / 项；多糖或多肽或蛋白质分子量及分布检查 1900 元 / 项；残余 DNA 检查 2100 元 / 项。
按检测方法复杂程度收费
- 普通化学分析法：收费相对较低，如容量测定法等，通常几百元。
- 仪器分析法：
- 高效液相色谱法（HPLC）、气相色谱法（GC）等，单个成分检测收费在 500 元左右。如果是同一检测系统多成分检验，以单个成分收费为基数，每增加一个成分按 100 元增量计算，以三倍基数为封顶。
- 液质联用（HPLC - MS）、气质联用（GC - MS）等方法，收费较高，单个成分检测一般 800 元左右，多成分检验也按一定增量规则收费。
不同地区和机构的收费差异
- 地区差异：经济发达地区的检测机构，由于运营成本较高等原因，收费可能会偏高；经济欠发达地区收费相对较低。
- 机构差异：大型知名的第三方检测机构，如谱尼测试等，凭借先进的设备、专业的技术团队和良好的信誉，收费可能会比小型机构高。一些小型检测机构为了吸引客户，可能会在价格上有一定的优惠，但检测质量可能存在差异。
《国家发展改革委、财政部关于调整药品检验收费标准及有关事项的通知》（发改价格〔2003〕213 号）对药品检验收费有相关规定，部分政府所属的药品检验机构会参照此标准收费。同时，一些机构会根据业务情况出台优惠政策，如杭州市食品药品检验科学研究院对涉企委托检验检测收费按公示价格的 80% 征收。
