村卫生室纳入医保定点管理工作面临着多方面的困难，具体如下：
- 监督管理方面
- 基金安全风险：部分乡镇医疗机构存在伪造就诊记录、虚构医药服务项目等欺诈骗保行为。而且医保基金使用主体广、链条长、风险点多，仅靠医保部门稽核，针对基层医疗机构的内部约束机制不健全，监管难度较大。
- 医疗安全隐患：一些乡镇卫生院对村卫生室监督管理不足，导致村卫生室诊疗活动及进药渠道不规范，存在患者看病无登记、用药无处方、收钱无发票等问题。个别村医受利益驱动，甚至在家截留病人，延误病情，缺乏病患诊疗的有效反馈渠道。
- 规范化建设方面
- 一体化推进缓慢：部分地区村卫生室人财物乡、村一体化管理的比例距目标仍有差距，影响医保定点管理工作推进。
- 跨区执业难题：村卫生室纳入定点医保管理后，需按标准配备执业人员并实行统筹管理，但村医半医半农现象突出，“全脱产” 村医数量有限，大部分从业者对服从调剂、跨区执业存在抵触，不同村镇间的 “人际壁垒” 也使外村医生开展工作困难。
- 老村医从业困境：按照规定，乡村医生中具备执业（助理）医师资格人员比例需达 50% 以上。随着定点改革推进，传统医疗模式与现代医疗管理体系矛盾凸显，部分老村医因未具备执业资格面临 “无证行医” 法律风险。
- 后续保障方面
- 信息建设薄弱：村医老龄化现象严重，大龄村医难以操作医保信息系统。同时，村卫生室医保系统平台报错频繁，存在无法登录、信息错录等问题，影响医保正常结算。
- 人才青黄不接：部分村医不适应公共卫生服务的程序化工作，收入减少且养老问题未解决，导致基层医疗人才由卫生室流向私人诊所，出现年龄老化、后继无人的局面。
- 配套资源短缺：部分村卫生室未配置电脑网络设备，医疗器械简陋、仪器短缺，行医手段单一，难以应对复杂病症，大量患者流向诊所和综合医院，加剧了村卫生室的运营危机。
- 基层配合意愿方面
- 申办过程繁琐：定点管理申请流程复杂、条件苛刻，部分村卫生室因缺少必要材料及相应设备，多次申请医保定点管理未果。
- 村医收入降低：村卫生室纳入医保定点管理需要联网，相关费用需村医自行负担。接入医保报销系统后，村医须严格执行药品配备使用规定，失去药品自主采购权，盈利渠道减少。
- 政策适配不佳：目前全国各级各类医疗卫生机构实行统一医保监管规则，未充分考虑村卫生室发展阶段及乡村医生实际情况。医保报销规则繁琐、监管标准高、处罚力度大，易使村医出现操作失误并被罚款，引发村医对医保定点改革及后续一体化管理的抵触心理。
