医保协议管理具有多方面的重要意义，主要体现在以下几点：
- 保障医保基金安全
- 规范使用行为：通过协议明确规定定点医药机构的服务范围、诊疗项目、用药规范等，约束其医疗服务行为，防止过度医疗、分解住院、挂床住院、虚报费用等违规行为，减少医保基金的不合理支出，确保基金用于参保人员的合理医疗需求。
- 强化基金监管：协议管理建立了一套完整的监督考核机制，包括定期检查、专项稽查、随机抽查等，能够及时发现和查处定点医药机构的违规行为，对违法违规违约的予以解除协议等处理，形成强大震慑，从而保障医保基金的安全运行。
- 规范定点医药机构服务行为
- 明确服务标准：协议中对定点医药机构的服务质量、服务流程、人员资质等方面提出具体要求，促使其提升服务水平，为参保人员提供优质、高效、规范的医疗服务，如要求医疗机构提供合理的诊疗方案、准确的医疗信息，零售药店确保药品供应和质量等。
- 促进合理竞争：统一的协议管理标准为各类定点医药机构提供了公平竞争的环境，鼓励它们通过提高服务质量、优化管理水平来获得更多的医保资源和参保人员的认可，推动医药机构持续健康发展。
- 维护参保人员基本权益
- 保障待遇落实：明确参保人员的医保待遇政策，包括报销范围、报销比例、起付线、封顶线等，确保参保人员在定点医药机构就医购药时能够按规定享受相应的医保待遇，减轻其医疗费用负担。
- 提升就医体验：协议要求定点医药机构改善服务态度、优化就医流程、提高服务效率，为参保人员提供便捷的就医环境和良好的服务体验，如简化医保报销手续、缩短排队等候时间等。
- 提高医保管理效能
- 增强管理针对性：针对不同类型的定点医药机构制定个性化的协议条款，根据其特点和服务内容进行有针对性的管理，提高医保管理的精准度和有效性。
- 实现信息共享：通过建立医保协议管理信息系统，实现医保部门与定点医药机构之间的信息互通，实时监测医保基金的使用情况、医疗服务质量情况等，为医保决策提供数据支持，便于及时调整政策和管理措施，提升医保管理的科学化、精细化水平。
- 推动医保制度可持续发展
- 合理控制费用：通过协议管理控制医疗费用的不合理增长，确保医保基金收支平衡，维持医保制度的可持续性，使医保制度能够长期稳定地为参保人员提供保障。
- 促进三医联动：医保协议管理与医疗、医药体制改革密切相关，能够推动医疗机构、医药企业和医保部门之间的协同配合，促进三医联动改革，优化医疗资源配置，提高医疗卫生服务体系的整体效能。
