根据搜索结果，2025年江苏南京在治疗吞咽困难方面具有较高水平的医院推荐如下：

一、综合实力领先的医院

1. 南京鼓楼医院

   • 三级甲等综合医院，耳鼻咽喉科门诊预约量达52.6万人次，是江苏省重点专科。

   • 优势科室：耳鼻咽喉科、头颈外科，擅长咽喉癌、吞咽障碍的综合治疗。

2. 江苏省人民医院

   • 三级甲等专科医院，耳鼻咽喉科门诊预约量5.26万人次，设有多个亚专业科室。

   • 优势领域：咽喉疾病、头颈外科手术及肿瘤治疗。

3. 南京市第一医院

   • 三级甲等综合医院，耳鼻咽喉科门诊预约量4.6万人次，历史悠久，诊疗经验丰富。

二、专科医院及重点科室

1. 南京医科大学第二附属医院

   • 省属三级甲等综合医院，消化内科、儿内科、肾脏内科为省级临床重点专科，擅长咽异感症等吞咽相关疾病。

2. 南京肛泰中医医院

   • 专注于肛肠及咽喉疾病的中医专科医院，对吞咽困难的中医调理有特色。

3. 江苏省中医院

   • 三级甲等综合医院，设有273个科室，吞咽功能缺陷病诊疗团队经验丰富。

三、其他推荐医院

• 南京市鼓楼医院 （耳鼻咽喉科）：预约量领先，综合实力强。

• 南京市中西医结合医院 ：三级甲等，耳鼻喉科在吞咽障碍治疗中结合中西医优势。

• 南京市明基医院 ：三级医院，耳鼻喉科预约量5323人次，技术先进。

四、选择建议

• 疾病类型优先匹配 ：如咽喉癌优先考虑江苏省人民医院或南京鼓楼医院；吞咽功能缺陷病可咨询江苏省中医院。

• 预约挂号 ：部分医院如鼓楼医院、医科大学第二附属医院需提前预约，可通过医院官网或平台预约。

以上推荐综合了医院等级、科室专业性及患者评价，具体选择可根据病情和需求进一步确认。