根据搜索结果，2025年上海在夜间咳嗽治疗方面具有较高水平的医院推荐如下：

一、综合医院推荐

1. 上海交通大学医学院附属瑞金医院

   • 呼吸科为国家级临床重点专科，门诊量长期位居上海市三级医院呼吸科前列，擅长哮喘、慢性咳嗽、COPD等疾病的诊疗，提供多中心协作诊疗平台。

2. 复旦大学附属中山医院

   • 肺病学研究历史悠久，曾获国家及上海市重点学科称号，对重症肺炎、咳嗽的中西医结合治疗有丰富经验。

3. 复旦大学附属华山医院

   • 在肺部感染、气流阻塞性肺疾病领域达到国内先进水平，设有7个呼吸相关专病门诊，收治率高达40%的疑难危重病例。

二、专科医院与特色科室

1. 上海东方肝胆外科医院安亭新院

   • 慢性咳嗽门诊可提供专业诊疗，地址位于嘉定区，适合需要综合医院资源的患者。

2. 上海市朱家角人民医院

   • 新开设儿童慢性咳嗽MDT门诊，通过多学科联合诊疗缓解儿童久咳问题，缓解挂号难困境。

三、其他注意事项

• 夜间就诊服务 ：部分医院如瑞金医院、中山医院夜间门诊较成熟，但需提前预约；华山医院主要侧重重症患者收治，普通门诊可能需白天就诊。

• 挂号建议 ：可通过医院官网、APP或第三方平台预约，部分科室需提前2-3天挂号。

以上医院在夜间咳嗽治疗方面均有较强实力，可根据具体病情选择合适机构。