根据搜索结果，2025年内蒙古巴彦淖尔市在呼吸系统疾病治疗方面具有较高水平的医院主要包括以下两家：
一、北京中医医院内蒙古医院
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科室设置与资质
作为第三批国家区域医疗中心建设项目单位，北京中医医院内蒙古医院设有11个科室，397位医生，具备三甲综合医院资质。
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重点科室与能力
医院在心血管、脑血管、呼吸、肿瘤等疾病的综合治疗能力突出，尤其以中医诊疗和疑难危重症救治见长，可提供高水平的呼吸系统疾病诊疗服务。
二、巴彦淖尔市中医院
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科室配置
拥有22个科室，25位医生，设有呼吸科，可提供呼吸系统疾病的诊疗服务。
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综合实力
作为三级综合医院，具备较强的医疗技术水平和设备条件，但搜索结果未明确提及在呼吸系统疾病治疗方面的特色或优势。
其他相关医院
- 巴彦淖尔市临河区妇幼保健院 ：二级妇儿专科医院，设有消化内科（含呼吸科相关科室），但综合实力和专科水平相对有限。
建议
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优先考虑北京中医医院内蒙古医院 ，其三甲资质和重点科室更符合治疗复杂呼吸系统疾病的需求；
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巴彦淖尔市中医院 可作为基层医疗机构的选择，但需提前确认其呼吸科的诊疗能力；
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呼吸困难患者建议通过 好大夫在线 等平台预约专家号，结合自身病情选择合适医院。
（注：以上信息综合自政府公告、医院官网及医疗平台数据，具体诊疗请以医院最新公告为准。）
