深圳社保一档、二档和三档的主要区别在于缴费、待遇和适用人群：
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缴费：一档社保的缴费比例为单位6%加上个人2%，二档社保的缴费比例为单位0.5%加上个人0.2%，三档社保的缴费比例为单位0.4%加上个人0.1%。缴费基数为员工的实际缴费工资或上年度在岗职工月平均工资。
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待遇：一档社保的优点在于门诊方面，连续参保满12个月以上，并且在一个医疗年度内门诊自费费用超过一定数额后，超过部分可以报销70%；在所有社康医院看门诊可以报销30%；门诊做大型设备检查时，可以报销80%。住院方面，一档社保和二档社保的待遇相同，统一报销90%。二档社保和三档社保的门诊费用每年都有1000元，但必须在绑定的社康医院才能享受。三档社保住院报销比例根据不同级别医院而定，在一级医院可以报销85%，二级医院报销80%，三级医院报销75%。
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适用人群：深户参保人如果有单位交费的情况下，只能选择参保基本医疗一档，如果是个人缴费，可以选择一档或者二档。非深户可以选择任何一种医疗档次，但最好不选择三档。少儿医保、大学生医保统一参加二档。
综上所述，深圳社保一档、二档和三档在缴费、待遇和适用人群等方面存在明显差异。了解这些差异有助于市民根据自身情况选择合适的社保档次。
