大同市第三医院和大同市第五人民医院的区别主要体现在以下几个方面：
- 成立时间 ：
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大同市第三医院成立于1952年，是一家公立综合三甲医院。
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大同市第五人民医院成立于1952年，也是一家三甲医院。
- 荣誉与认证 ：
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大同市第三医院曾获得爱婴医院的荣誉称号，是市级的文明单位，也是医德医风建设标兵单位。
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大同市第五人民医院是美国麻省医疗集团和国内多家医学院校的战略合作单位，在人才培养和输出方面表现突出。
- 科室特色 ：
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大同市第三医院眼科以多种眼病诊疗和近视矫正手术为特色，使用的设备都是国内外正规厂家生产的。
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大同市第五人民医院眼科也提供近视矫正手术，拥有准分子激光设备和飞秒激光设备。
- 合作与关系 ：
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大同市第五人民医院是大同大学的临床医院，与多家国内外医学院校有战略合作关系。
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大同市第三医院则没有提到与大学或国内外医学院校的合作关系。
- 医院规模 ：
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大同市第三医院具体建筑面积未详细提及，但作为三甲医院，通常规模较大。
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国药同煤总医院拥有近20万平米的建筑面积，规模较大，且眼科设备设施相对较多。
总结：
大同市第三医院和大同市第五人民医院都是成立时间较长、实力较强的三甲医院，且都以眼科为特色科室，能够进行近视矫正手术。第三医院在医德医风建设方面表现突出，而第五人民医院在战略合作和人才培养方面更具优势。具体选择哪家医院，可以根据患者的具体需求和医院的专业特长来决定。
