安徽新农合患者在上海就医的报销方式如下：
- 全国异地就医直接结算定点医疗机构 ：
- 如果患者在上海的医院是全国异地就医直接结算定点医疗机构，那么费用可以按照就医地医保目录和参保地支付比例直接结算。
- 非定点医疗机构 ：
- 如果患者在上海的医院是非定点医疗机构，那么需要先带住院资料回到参保地进行报销。
- 报销比例 ：
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普通住院报销比例 ：
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镇卫生所：60%
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二级医院：40%
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三级医院：30%
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大病报销比例 ：
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一甲医院：400元以下无起付线
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二甲医院：补助提高至75%-80%
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三甲医院：55%-60%
- 报销条件 ：
- 参保人员在规定的医疗机构就医，并按规定程序办理报销手续。
- 报销限额 ：
- 每年根据政策规定有一定的报销封顶线，超出部分由个人自负。
- 异地就医报销 ：
- 通常情况下，异地就医报销比例会低于本地就医，且需要满足一定的条件和手续。
- 备案流程 ：
- 患者或家属需要先在国家医保服务平台进行异地就医备案，选择为自己或他人备案，并填写相关信息等待审核通过。
- 特殊病种门诊报销 ：
- 对于一些特殊病种，如糖尿病、高血压（Ⅱ期及以上）、恶性肿瘤（放疗、化疗）、精神病等，患者需要向当地的医保经办机构申请特殊病种认定，认定通过后，在门诊进行特殊病种的治疗费用可以按照规定的比例进行报销。
综上所述，安徽新农合患者在上海就医时，如果医院是全国异地就医直接结算定点医疗机构，可以直接结算；如果是非定点医疗机构，则需要回参保地报销。报销比例根据医院等级和医疗费用总额有所不同，且每年有报销封顶线。患者还需要提前进行异地就医备案，并了解特殊病种的报销流程。
