新生儿合作医疗报销比例因地区、医疗机构等级及参保类型不同而有所差异，具体如下：

一、报销比例范围

1. 门诊报销

• 基层医疗机构（如镇卫生院）：300元以下部分报销40%（最高120元/年）

• 二级医疗机构：300元以上部分报销40%

• 三级医疗机构：300元以上部分报销40%

2. 住院报销

• 起付标准：不同地区设定不同金额（如一级医院200元、二级400元、三级600元）

• 报销比例：

• 一级医院：超过起付标准部分报销90%

• 二级医院：超过起付标准部分报销80%

• 三级医院：超过起付标准部分报销70%

二、特殊病种报销

• 大病门诊 ：针对血友病、再生障碍性贫血等15种病种，无起付限，报销比例75%

• 门诊慢性病 ：如糖尿病、高血压等，门诊费用可按比例报销（如50%）

三、注意事项

1. 地区差异 ：具体比例需咨询当地社保部门，不同城市、县市存在差异

2. 参保类型 ：新型农村合作医疗（新农合）与城镇居民基本医疗保险（城保）的报销政策不同

3. 报销流程 ：需提供医疗费用发票、住院证明等材料，通过医保定点机构审核

建议办理前通过当地医保部门官网或热线核实最新政策，以确保信息准确性。