医保余额只有1000多元可能有以下几个原因：

1. 缴费基数和比例 ：个人缴纳的医保费用中，只有一部分会进入个人账户，另一部分会进入社会统筹基金。如果个人缴费基数较低或者医保政策规定的个人账户划入比例较低，那么个人账户的余额自然会较少。

2. 缴费年限和累计 ：医保余额的积累是一个长期过程。如果个人参保缴费时间不长或者缴费金额累计较少，那么医保余额也会相对较低。

3. 医保待遇结算 ：某些特殊情况下，医保待遇结算可能会导致余额增加。例如，重大疾病治疗后，部分医疗费用得到报销并返还到医疗保险卡中，从而使得余额突然增加。

4. 系统统计或结算周期 ：医保系统的数据统计或结算周期可能导致之前未及时显示的费用结算在此时体现出来，进而使得余额有了显著的提升。

5. 政策调整 ：随着医保制度的不断完善和调整，个人账户的划入比例、使用范围等都可能发生变化，这也会直接影响到医保余额的多少。

6. 使用情况的累积 ：如果个人在过去的一段时间内使用了较多的医疗费用，医保余额就会相应减少。这包括在定点医院和药店的购药支出，以及门诊和住院费用的报销等。

综上所述，医保余额只有1000多元可能是由于个人缴费档次、医保政策、使用情况以及政策调整等多种因素共同作用的结果。建议咨询当地医保部门或相关机构，了解具体的医保政策和个人账户情况，以便更准确地掌握自己的医保余额情况。