石河子市人口减少的原因主要有以下几点：

1. 经济发展不平衡 ：石河子市作为经济欠发达地区，其经济水平相对较低。与内地沿海经济发达地区相比，这里的就业机会和生活质量较低，导致许多居民选择前往更富裕和机会更多的城市寻求发展。

2. 自然环境恶劣 ：石河子市位于干旱荒漠带，自然环境恶劣，频繁的沙尘暴等自然灾害以及缺乏水资源等问题使得当地居民难以在此长期居住，进而选择迁往其他宜居条件更好的城市。

3. 教育资源匮乏 ：相比于一些大城市，石河子市在教育资源方面存在明显不足。学校数量有限，优秀师资力量紧缺，这些问题直接影响到家长们对孩子接受良好教育的机会，从而影响到人口迁移和生育意愿。

4. 区域发展不平衡 ：石河子市虽然是一个发展中的城市，但开发区和市区之间的发展不平衡，许多人选择到开发区工作，而市区则相对冷清。

5. 生活成本和工作机会 ：石河子市的生活成本相对较低，但工作机会也较少，许多居民为了谋求更好的职业发展，选择到外地工作，这也导致人口外流。

6. 人口结构变化 ：随着人口老龄化加剧，许多中年人将孩子送到内地，导致石河子市的人口结构失衡，进一步加剧了人口减少的趋势。

综上所述，石河子市人口减少的原因是多方面的，包括经济发展不平衡、自然环境恶劣、教育资源匮乏、区域发展不平衡、生活成本和工作机会不足以及人口结构变化等。这些因素共同作用，使得石河子市的人口呈现减少的趋势。